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Les premières informations sur "The Lost Tribe", la suite du traditionnel cliffhanger de mi-saison qui pourra compter cette année sur la présence du Dr. Daniel Jackson.McKay et Daniel sont pris au milieu d'une guerre entre les Wraith et une autre puissante race dans la Galaxie de Pégase. Sheppard fait équipe avec les Travelers afin de secourir les deux scientifiques puisque l'Apollo est tombé au main de l'ennemi.
Cette épisode est la suite du cliffhanger de mi-saison "First Contact".
Les membres de l'équipe de Sheppard sont dispersés.
Rodney McKay est avec le Dr. Daniel Jackson dans un complexe qui aurait appartenu à Janus. Là, ils rencontrent un Asgard qui désire débarrasser la galaxie des Wraiths une bonne fois pour toute. Il a activé un appareil dont Daniel lui a dissuadé l'utilisation mais l'Asgard insiste pour que cela soit fait maintenant. En sachant que son peuple est une race en voie d'extinction, l'Asgard pense qu'il n'y a pas assez de temps pour eux de travailler sur un autre plan d'attaque.
Todd a le contrôle de l'Apollo, où Ronon, Keller, Woolsey et le Major Marks se trouvent mais le vaisseau est endommagé. Il a capturé la plupart des membres du vaisseau (il y a environ 200 membres d'équipages) mais certains ont réussis à éviter de se faire prendre. Todd fait une annonce comme quoi il commencerait à tuer des otages tant que Ronon, Keller et les autres fugitifs ne se seront pas rendus. Il est intéressé par un appareil appelé "'Attero" et tant qu'il reste actif, de plus en plus de ses alliances pourraient être perdus. Un de ses hommes, Kenny, supervise les dommages sur le vaisseau, et ils sont en route vers le complexe de Janus où se trouvent McKay et Daniel.
Sheppard et Zelenka sont sur un vaisseau des Travellers commandé par Katena. Son chef-ingénieur Mila âgée de 15 ans et Zelenka travaillent ensemble afin d'arriver au complexe de Janus avant l'Apollo. Ils sont en chemin pour secourir McKay et Daniel, étant donné que l'Apollo est sous le contrôle de Todd. Sheppard croit que si Todd y arrive en premier, McKay et Daniel seront perdus. Ils essayent de tirer le maximum de puissance de l'hyperdrive. Mais les systèmes du vaisseau tiennent à peine debout vu qu'ils sont fait à partir de pièces récupérées. Mila est une experte en hyperdrive, elle a commencée a travailler sur cette technologie quand elle avait quatre ans, et elle a confiance dans son appareil mais Zelenka n'en est pas si sur.
Qui va se rendre au complexe en premier, et qui va survivre à l'inéluctable bataille ?
